办理了停薪留职的人，其社会保险缴纳的处理还可能受到一些特殊情况或例外情形的影响。
1、停薪留职协议中对社保缴纳有特殊约定。如果停薪留职协议中明确约定，在停薪留职期间社保全部由个人承担（包括单位部分和个人部分），且该约定是双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，那么这种特殊约定会改变通常的缴费责任划分，停薪留职的人需要承担全部社保费用，企业则不再缴纳单位部分。
2、当地社保政策对特定行业停薪留职人员有特殊规定。某些地方针对特定行业（如国有企业改革过程中的停薪留职人员）可能出台特殊的社保缴纳政策，例如允许企业和个人协商选择缴费基数、缴费比例，或者给予一定的社保补贴等。这种特殊政策会直接影响停薪留职人员社保缴纳的金额和方式，使其处理方式与普通停薪留职人员有所不同。
3、停薪留职期间员工在外单位兼职并参保。如果停薪留职的人在停薪留职期间到其他单位兼职，且新单位为其缴纳了社会保险，可能会出现重复参保的情况。此时，需要按照当地社保政策处理重复参保问题，可能需要办理社保转移、合并或退保等手续，这会对原企业的社保缴纳操作造成影响。
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办理了停薪留职的人，在社会保险缴纳方面可能会面临一些法律风险点，以下举例说明。
1、企业以停薪为由拒缴单位部分社保。如果停薪留职的人遇到企业以员工未提供劳动、没有工资收入为由，拒绝缴纳单位应承担部分社会保险费的情况，这是不符合法律规定的，因为双方劳动关系仍然存在，企业负有缴纳单位部分社保的法定义务，这种拒缴行为会导致员工社保权益受损。
2、个人未及时缴纳社保费用导致企业无法代缴。如果停薪留职的人未按照约定时间将个人部分社保费用交给企业，企业可能会因未收到费用而无法为其代缴个人部分社保，进而导致社保缴纳中断，员工可能会面临医保无法报销、养老保险缴费年限减少等风险。
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办理了停薪留职的人，其社会保险缴纳的法律依据主要来源于《中华人民共和国社会保险法》。以下结合该法律规定对停薪留职期间社保缴纳问题进行分析。
《中华人民共和国社会保险法》第六十条规定：“用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，可以直接向社会保险费征收机构缴纳社会保险费。”
在停薪留职场景中，由于员工与企业的劳动关系依然存在，企业作为用人单位，其缴纳社会保险费的法定义务并未免除，仍需自行申报并按时足额缴纳单位应承担的部分。而职工个人应当缴纳的社会保险费，虽然通常由用人单位代扣代缴，但在停薪留职期间，因员工未正常领取工资，无法从工资中代扣，所以这部分费用需由员工个人自行承担并交给企业，再由企业统一缴纳。因此，停薪留职的人社保个人部分需由个人自行缴纳，企业负责缴纳单位部分，这与上述法律规定相符。
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办理了停薪留职的人，在处理社会保险缴纳问题时，要注意避免一些常见的错误操作行为。
1、忽视停薪留职协议内容：有些停薪留职人员不重视与企业签订的协议，未仔细查看其中关于社保缴纳的条款，导致不清楚自己和企业的缴费责任，从而出现漏缴、错缴等问题。
2、拖延缴纳个人部分费用：部分人员认为停薪留职期间可以暂时不缴纳社保个人部分，或拖延缴纳时间，这可能导致企业无法及时为其缴纳社保，造成社保缴费中断，影响医保报销、养老保险累计缴费年限等社保待遇。
3、自行到社保部门以灵活就业人员身份缴纳全部社保：在未与企业协商一致的情况下，停薪留职人员自行以灵活就业人员身份缴纳全部社保费用，可能会与企业应缴纳的单位部分产生冲突，也可能无法准确核算缴费基数等，后续难以与企业协调处理相关费用问题。
若在社保缴纳过程中出现上述错误操作，可能会引发不必要的纠纷。为保障自身权益，如有任何疑问，建议进一步向律师进行咨询。

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